Auf der Maur studierte Schweizer Geschichte an der Uni Bern, begann seine journalistische Laufbahn 1987 als freier Mitarbeiter beim Boten der Urschweiz. Von 1990 bis 93 war er dort als festangestellter Redaktor tätig, promovierte zum Dr. phil. I und wurde 1993 Chefredaktor des Boten der Urschweiz sowie Mitglied der Geschäftsleitung der Druckerei Triner AG in Schwyz. Auf der Maur zeichnete für die Umstellung der Erscheinungsweise von dreimal wöchentlich auf Vollzeit (6 Mal wöchentlich) verantwortlich. 

2000 wurde Jürg Auf der Maur Inlandchef der Neuen Luzerner Zeitung NLZ. Er war verantwortlich für die Berichterstattung über das politische Geschehen in Bund und Kantonen sowie die journalistische Umsetzung und konzeptionelle Vorbereitung eidgenössischer Wahl- und Abstimmungsgänge. Auf der Maur ist bestens vernetzt in Parlament, Parteien Behörden und Verbänden. 2007 wurde er Chefreporter der NLZ und seit 2008 ist er Chefreporter Politik für die Zentralschweiz am Sonntag. 

Ralph Grosse-Bley, Vorsitzender der Chefredaktoren im Newsroom zur Verpflichtung von Auf der Maur: «Wir sind sehr froh, dass wir diese wichtige Funktion im Newsroom nach langer, intensiver Suche mit einem so versierten Kollegen besetzen konnten.» 

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